Pelayanan farmasi RS PKU Muhammadiyah Mayong menyediakan dan mendistribusikan semua perbekalan farmasi, pelayanan farmasi klinik serta memberikan informasi dan jaminan kualitas pelayanan penggunaan obat.

Instalasi farmasi RS PKU Muhammadiyah Mayong mendistribusikan obat rawat jalan (Apotek) dan distribusi obat rawat inap (depo/sate).

Farmasi RS PKU Muhammadiyah Mayong memberikan pelayanan informasi obat dan melayani konsultasi obat serta mendukung kegiatan pelayanan unit kesehatan lainnya di RS selama 24 jam. Instalasi Farmasi RS PKU Muhammadiyah Mayong dipimpin oleh apoteker yang berpengalaman di bidangnya dan telah terdaftar di departermen kesehatan dan mempunyai ijin kerja.