Indikator pelayanan klinis rumah sakit adalah kepatuhan alur klinis CP jatung. Dimana standar capaian yang ditetapkan adalah 100%. 
Berdasarkan data capaian indikator didapatkan hasil capaian sebesar 100% pada bulan Juli tahun 2024, sedangkan pada bulan Agustus dan bulan September tahun 2024 tidak dapat dilakukan.

Indikator tujuan strategis rumah sakit adalah proporsi pasien non JKN rawat jalan. Dimana standar capaian indikator yang ditetapkan adalah 23%.
Berdasarkan data capaian indikator pada bulan Juli hingga September tahun 2024 didapatkan hasil pada bulan Juli sebesar 22%, sedangkan pada bulan Agustus dan September sebesar 24%. Dari hasil tersebut, pada bulan Juli tahun 2024 yang tidak memenuhi standar capaian indikator. Sedangkan pada bulan Agustus dan September tahun 2024 sudah memenuhi standar capaian yang ditetapkan.

Indikator perbaikan sistem Rumah Sakit adalah pemanfaatan JKN Mobile di RS PKU Muhammadiyah Mayong. Dimana standar capaian indikator yang ditetapkan adalah 15%.
Berdasarkan data capaian indikator pada bulan Juli hingga bulan September 2024 didapatkan hasil sebesar 6% pada bulan Juli, 10% pada bulan Agustus, sedangkan pada bulan September sebesar 12,08%. Dari hasil tersebut tidak ada yang memenuhi standar yang diteapkan.

Indikator terkait penelitian klinis dan program kedokteran di rumah sakit adalah tingket kelulusan coas dalam stase komprehensif di rumah sakit. Dimana staandar capaian indikator yang ditetapkan adalah sebesar 100%.
Berdasarkan data, pada bulan Juli hingga bulan September tahun 2024 tidak ada Coas yang melaksanakan komprehensif di Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Mayong.

Indikator perbaikan manajemen resiko di rumah sakit adalah angka kegagalan pemasangan infus. Dimana standar capaian indikator yang ditetapkan adalah sebesar 5%.
Berdasarkan data capaian indikator  pada bulan Juli hingga bulan September tahun 2024 adalah sebesar 0%. Hal ini menunjukkan bahwa standar capaian indikator yang ditetapkan telah terpenuhi.